Em crianças com alterações na estrutura do coração ou de seus vasos, pode ser que seja necessária intervenção por cateterismo ou até mesmo cirúrgica. Nesses casos, o cardiopediatra irá avaliar a melhor conduta e orientar os pais, podendo também entrar em contato com o hemodinamicista (que realiza o cateterismo) e o cirurgião cardíaco (que opera as cardiopatias).
Na maioria dos casos, o cardiopediatra acompanha o paciente desde o diagnóstico até a vida adulta. Podem alguns casos terem alta definitiva pelo cardiopediatra. O acompanhamento pode ser mensal, a cada três meses, seis meses ou anual, a critério do cardiopediatra.